Jump to content

Blogs

 

Επανακωδικοποίηση μεταβλητών που περιέχουν κείμενο στο R

To R έχει ισχυρές συναρτήσεις  για την επανακωδικοποίηση μεταβλητών που περιέχουν κείμενο, συχνό πρόβλημα στις ιατρικές έρευνες. Για παράδειγμα, έχουμε μια βάση δεδομένων retrospective.cohort με ιστολογικά (στη μεταβλητή TNM7) από καρκίνους με το σύστημα ΤΝΜ (σε μορφή pT1a pN1) και θέλουμε να δημιουργήσουμε άλλες μεταβλητές για χωριστά T/N και ομαδοποίηση όλες τις κατηγορίες. Αυτό γίνεται με τη συνάρτηση grepl ως εξής: attach(retrospective.cohort) retrospective.cohort$sizecat[grepl("T1", TNM7) ] <- "T1" retrospective.cohort$sizecat[grepl("T2", TNM7) ] <- "T2" retrospective.cohort$sizecat[grepl("T3", TNM7) ] <- "T3" retrospective.cohort$sizecat[grepl("T4", TNM7) ] <- "T4" retrospective.cohort$lncat[grepl("N0", TNM7) ] <- "0" retrospective.cohort$lncat[grepl("N1", TNM7) ] <- "1" retrospective.cohort$lncat[grepl("N2", TNM7) ] <- "1" retrospective.cohort$lncat[grepl("N3", TNM7) ] <- "1" detach(retrospective.cohort)

bromptonista

bromptonista

 

Επανακωδικοποίηση μεταβλητών στο R

Πολλές φορές χρειάζεται να αλλάξουμε κάποιες μεταβλητές για την ανάλυσή μας - πχ μια συνεχή μεταβλητή σε ομάδες. Πολύ συνηθισμένο στις ιατρικές έρευνες ή στις δημοσκοπήσεις είναι να φτιάχνει κανείς ηλικιακές κατηγορίες. Αυτό γίνεται ως εξής:  # Τρεις κατηγορίες - η βάση δεδομένων είναι dedomena και η μεταβλητή με την ηλικία age attach(dedomena) dedomena$agecat[age > 65] <- "3" dedomena$agecat[age > 50 & age <= 65] <- "2" dedomena$agecat[age <= 50] <- "1" detach(dedomena) Πηγή: http://www.statmethods.net/management/variables.html, από όπου βέβαια το πρώτο παράδειγμα δε δουλεύει αν έχετε τιμές που λείπουν (NA)

bromptonista

bromptonista

 

Επανακωδικοποίηση μεταβλητών στο R

Πολλές φορές χρειάζεται να αλλάξουμε κάποιες μεταβλητές για την ανάλυσή μας - πχ μια συνεχή μεταβλητή σε ομάδες. Πολύ συνηθισμένο στις ιατρικές έρευνες ή στις δημοσκοπήσεις είναι να φτιάχνει κανείς ηλικιακές κατηγορίες. Αυτό γίνεται ως εξής:  # Δυο κατηγορίες - η βάση δεδομένων είναι dedomena και η μεταβλητή με την ηλικία age dedomena$agecat <- ifelse(dedomena$age > 50, c("old"), c("young")) # Τρεις κατηγορίες - η βάση δεδομένων είναι dedomena και η μεταβλητή με την ηλικία age attach(dedomena) dedomena$agecat[age > 65] <- "3" dedomena$agecat[age > 50 & age <= 65] <- "2" dedomena$agecat[age <= 50] <- "1" detach(dedomena) Πηγή: http://www.statmethods.net/management/variables.html

bromptonista

bromptonista

 

Μεταβλητές στο R

Οι μεταβλητές είναι πολύ σημαντικές για μια γλώσσα προγραμματισμού, τα μαθηματικά και τη στατιστική. Το R αποθηκεύει μεταβλητές με δυο σύμβολα: το "<-" (προτιμότερο) και το "=" (που χρησιμοποιούν και πολλές άλλες γλώσσες). Πληκτρολογώντας τη μεταβλητή, το R εμφανίζει την τιμή της. > x <- 55 > x [1] 55 > katidikamou <- "kati dika mou" > katidikamou [1] "kati dika mou" > ypsos <- 1.90 > ypsos [1] 1.9 > height <- ypsos > height [1] 1.9 > baros = 80 > baros [1] 80 > bmi = baros / ypsos ^ 2 > bmi [1] 22.16066

bromptonista

bromptonista

 

Μαθηματικές πράξεις στο R

Δεν είπαμε ότι θα ξεκινήσουμε με τα βασικά; Πρόσθεση: > 5 + 11 [1] 16 Αφαίρεση: > 13 - 8 [1] 5 Πολλαπλασιασμός: > 9 *7 [1] 63 Διαίρεση: 85 / 5 [1] 17 Ύψωση σε δύναμη: > 2 ^ 3 [1] 8 Τετραγωνική ρίζα: > sqrt(16) [1] 4 Λογάριθμοι (log για το φυσικό-νεπέρειο λογάριθμο, log10 για λογάριθμο με βάση 10, log(x,βάση) για λογάριθμο του x με οποιαδήποτε βάση: > log(1000) [1] 6.907755 > log10(1000) [1] 3 > log(1000,3) [1] 6.28771 Εκθετική συνάρτηση: > exp(3) [1] 20.08554

bromptonista

bromptonista

 

Hello World (με το R http://www.r-project.org)

Αποφάσισα να γράψω ένα blog στο Invision αφού δε γράφει κανείς άλλος. Αντί να γράψω γενικολογίες, θα ασχοληθώ με κάτι εξειδικευμένο, που ξέρω αρκετά καλά και μπορεί και κάποιος άλλος να το βρει χρήσιμο: τη γλώσσα στατιστικού προγραμματισμού R. To R είναι δωρεάν, κατεβάστε το και εγκαταστήστε το από το http://www.r-project.org. Εγκαταστήστε επίσης το RStudio από το http://www.rstudio.com. Αντί εισαγωγής λοιπόν, το πρώτο ποστ είναι πως να κάνετε το R να πει καλημέρα: Γράφετε το παρακάτω: cat('Hello, world!\n') Και επιλέγετε είτε Run είτε το σώζετε ως αρχείο helloworld.R και μετά τρέχετε την εντολή: source('helloworld.R')

bromptonista

bromptonista

 

Καταγγελια προς την Κα Κατσουγιάννη

Καταγγελία προς την κα Κατσουγιάννη
Τον τελευταίο μήνα, στην Ιατρική Σχολή διαφαίνονται ξεκάθαρα οι αντιδραστικές προθέσεις της  Κατσουγιάννη με μια σειρά από ενέργειες τόσο στη Γενική Συνέλευση Τμήματος όσο και στην παρέμβασή της για τροποποίηση στο ψηφισμένο πρόγραμμα εξεταστικής του πρώτου έτους. Πιο αναλυτικά, η Κατσουγιάννη απέδειξε για ακόμα μία φορά την αντιδραστική φύση της στη Γενική Συνέλευση Τμήματος, όπου επικρότησε τη βία των ΜΑΤ έξω από τη Σύγκλητο και τον ξυλοδαρμό ενός φοιτητή της Σχολής μας και κατηγόρησε έντονα την παρουσία των φοιτητών τόσο μέσα στη Σύγκλητο όσο και μέσα στην Γενική Συνέλευση Τμήματος, απαγορεύοντας στους φοιτητές να εκφράζουν τις θέσεις τους στα δύο παραπάνω όργανα, όπως έκανε ακριβώς ο Φορτσάκης στη Σύγκλητο. Εκτός από αυτό, η αντιδραστική φύση της Κατσουγιάννη αποδεικνύεται ολοφάνερα από το γεγονός ότι η ίδια αρνείται στους φοιτητές οποιαδήποτε ανακοίνωση  πριν την αρχή του μαθήματος της Βιοστατιστικής.                                             Και δεν σταματά εδώ....!Αποφασίζει να παρέμβει στην δημοκρατικά ψηφισμένη απόφαση του πρώτου έτους για εξέταση της Βιοστατιστικής στις 17 Φλεβάρη ακριβώς μία εβδομάδα πριν την έναρξη της εξεταστικής του χειμερινού εξαμήνου με τη δικαιολογία ότι θα βρίσκεται στο εξωτερικό, ταλαιπωρώντας παραπάνω από τετρακόσιους πρωτοετείς  που εξετάζονται στο συγκεκριμένο μάθημα. Και υπάρχει συνέχεια...!  Μετά από πίεση των φοιτητών του πρώτου έτους στον πρόεδρο της σχολής Α. Δημόπουλο, τελικά αποκαλύπτεται ότι ο κυρίαρχος λόγος της τροποποίησης της ημερομηνίας είναι ότι η Κατσουγιάννη επιθυμεί να εξεταστεί το μάθημα εντός των τριών εβδομάδων που ορίζει η σύγκλητος του ΕΚΠΑ, δηλαδή μέχρι τις 6 Φλεβάρη, θέλοντας να εφαρμόσει ξεκάθαρα το νόμο Διαμαντοπούλου-Αρβανιτόπουλου. Άλλωστε, ας μην ξεχνάμε και το γεγονός ότι η Κατσουγιάννη υπήρξε υποψήφιος πρύτανης πέρισυ και απορρίφθηκε λόγω ελλιπούς βιογραφικού, οπότε με την παραίτηση Φορτσάκη από πρύτανη έρχεται την κατάλληλη στιγμή να επιβληθεί με κάθε μέσο ενάντια στα φοιτητικά κεκτημένα. Μάλλον θα ζήλεψε την επιτυχία του σαν πρύτανης (με 150 απολύσεις συμβασιούχων και 15 ανοιγμένα κεφάλια φοιτητών) και την είσοδό του στην πολιτική.                                                               

Ανακαλώντας γεγονότα από το παρελθόν, η Κατσουγιάννη θέτει κάθε χρόνο στους πρωτοετείς φοιτητές το ίδιο ακριβώς πρόβλημα με την ημερομηνία εξέτασης του μαθήματός της αναιρώντας στην πράξη την συνέλευση που πραγματοποιεί το έτος για το πρόγραμμα της εξεταστικής, όταν την ίδια στιγμή οι άλλες έδρες ακολουθούν τις ψηφισμένες αποφάσεις. Συγκεκριμένα, ας θυμηθούμε το 2009, όταν μετά από παρέμβαση της Κατσουγιάννη για αλλαγή της ημερομηνίας,  το πρώτο έτος ήρθε σε κάθετη ρήξη μαζί της και τελικά προχώρησε σε κατάληψη στην έδρα της Στατιστικής, με αποτέλεσμα τρεις μέρες μετά η Κατσουγιάννη να υποχωρήσει ολοκληρωτικά.                                                                             Αν λοιπόν τώρα, ΔΕΝ υποχωρήσουμε απέναντι στις επιταγές της Κατσουγιάννη, να δούμε στο τρίτο έτος πώς θα δώσουμε όλα τα μαθήματα σε τρεις εβδομάδες. Όχι μόνο οφείλουμε να εξασφαλίσουμε ΤΩΡΑ το κύρος των αποφάσεων του έτους μας για τα επόμενα χρόνια, για να μην αφήσουμε εν τέλει να καθιερωθεί η εξεταστική στις τρεις εβδομάδες, αλλά πιο κυρίαρχα οφείλουμε να αφήσουμε παρακαταθήκη στους επόμενους πρωτοετείς φοιτητές το δικαίωμα να εκφράζονται συλλογικά μέσα από τη δική τους συνέλευση έτους.                                                    

  ΠΡΩΤΟΒΟΥΛΙΑ ΦΟΙΤΗΤΩΝ ΠΡΩΤΟΥ ΕΤΟΥΣ                                                    
View the full article

bromptonista

bromptonista

×